Il clima mediterraneo con aspetti insulari specifici , che rende le isole più ventilate e secche, è evidenziato da una temperatura media annua di 15,8° C e da piovosità di 615,5 mm annui a San Domino e rispettivamente di 593,4 e 587,1 a Caprara e a San Nicola. Il vento dominante è il maestro-ponente che batte proprio sui tratti costieri più favorevoli alla costruzione di porti;al contrario le coste sottovento non dispongono di condizioni morfologiche favorevoli, per cui non sono adatte agli attracchi. In inverno è considerevole il libeccio; i venti di greco e tramontana spirano soprattutto a Punta Secca di Caprara. Col clima mediterraneo si associa la composizione del terreno: terre rosse(loessiche) argillificate, acide, adatte a graminacee e leguminose. Tra i caratteri biogeografici, risaltano quelli di specie endemica della vegetazione(Centaurea Diomedea) sia quelli specifici di ogni isola.
